Az OTH 2017.március 31-én beolvadásos különválás útján, jogutódlással MEGSZŰNT!

Az OTH általános jogutódja az alábbi feladatok kivételével az Emberi Erőforrások Minisztériuma (EMMI) lett, amely egészen a megszűnéséig, tehát 2022-ig gyakorolta jogkörét. 2022. május 24-től (az EMMI megszünése) a jogköröket a Belügyminisztérium vette át. Az EMMI közoktatáshoz, az egészségügyhöz és a szociálpolitikához kapcsolódó feladatai a Belügyminisztériumhoz, a felsőoktatás és a kulturális ügyek pedig az újonnan létrejövő Kulturális és Innovációs Minisztériumhoz kerültek. A sportügyekért felelős államtitkárság a hadügyminisztériumhoz került át.

Az OTH feladatait az alábbi szempontok alapján osztották szét:

1. Országos Közegészségügyi Intézet (OKI) – stratégiai és módszertani jellegű munkaegészségügyi feladatok kivételével – az európai uniós projektek feladatai és menedzsmentje, valamint a munkaegészségügyi feladatok.
2. Állami Egészségügyi Ellátó Központ (ÁEEK) – praxis programokkal kapcsolatos feladatok.
3. Budapesti Főváros Kormányhivatala (BFKH) illetve a vármegyei kormányhivatalok – a fővárosi és megyei kormányhivatal, valamint a járási (fővárosi kerületi) hivatal népegészségügyi feladatai ellátásáról, továbbá az egészségügyi államigazgatási szerv kijelöléséről szóló 385/2016. (XII. 2.) Korm. rendeletben megjelölt feladatkörei és hatáskörei, illetve ezekhez kapcsolódó jogviszonyok.

Ezek közül 2020.december 31-én megszűnt az ÁEEK, jogutódja az Országos Kórházi Főigazgatóság (OKF) lett.